В последние годы на рынке наблюдался рост числа интеграционных сделок, но структурированный подход к объединению предприятий поможет снизить уровень риска, связанного с этим процессом. Целью данного исследования является предложение нового математического инструментария категорной теории систем для описания механизма объединения предприятий, который можно применять для моделирования интеграционных процессов систем любого типа по классификации системной экономической теории. Этот инструментарий позволит выявлять факторы риска таких процессов. Три типа представлений предприятия описаны с использованием методов категорной теории систем, системной экономической теории и операциональной теории управления уровнем риска. Для каждого типа предложены возможные способы моделирования механизмов интеграции предприятий, рассмотренных в данной работе как социально-экономические системы. Идентифицированы факторы риска для нескольких уровней интеграции при выборе механизма объединения через ее внутреннее представление с выделением подсистем предприятия: объектной, средовой, проектной и процессной. Также предложены антирисковые управленческие воздействия для смягчения влияния выявленных факторов риска на деятельность объединенного предприятия. В приложениях приведены основные термины и принципы категорной теории систем, формализованы отношения между системной экономической теорией и категорной теорией систем.